Controlling Contamination in UltraPerformance LC®/MS

                       Controlling Contamination in

            UltraPerformance LC®/MS           

                                      and

                                  HPLC/MS Systems

Preventing Contamination

Select, Prepare, and Handle Solvents Correctly . 

Use clean, particle-free solvents . 

Use ultrapure water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 

Prevent microbial growth. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

Degas all solvents. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

Minimize the use of additives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

Use miscible solvents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Store solvents in clean glass reservoirs with covers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Clean laboratory glassware properly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Prepare and Handle Samples Correctly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Use efficient cold traps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Use clean vials, caps, and plates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Use Clean Fittings and Tubing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Use clean, inert materials for connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Wear Gloves . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Wear particulate-free, powder-free, non-latex gloves . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Use Clean Columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Use clean columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Cleaning columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Storing columns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Check Laboratory Air . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Take precautions to keep laboratory air clean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Troubleshooting Contamination

Narrow Down the Problem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Troubleshoot the LC System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Remove the column . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Check the mobile phase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Make a zero-volume injection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Check the solvent manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Check the sample manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Reinstall the column . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Troubleshoot the MS System. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Check the front end components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Remove, clean or replace, and test the components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Clean or Replace the Contaminated Component. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Clean or replace the last added component . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Cleaning to Eliminate Contamination

Cleaning LC Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

General guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Cleaning the solvent manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

Cleaning the sample manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

Cleaning the column . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

Cleaning MS Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

Remove and clean or replace suspected MS components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

Front panel injector. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

API source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

API probes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

LC tubing. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16